A fenékküszöb stabilizálása érdekében több mint száz betontömböt emelnek a Dunába. Ám egyre nagyobb a bizonytalanság, hogy a szerkezetet az eredeti tervek szerint lehet-e befejezni, vagy módosítani kell az elképzeléseken. Ez a kérdés azért is aktuális, mert a szűkületen átfolyó víz sebessége jelentősen megnőtt, amikor a folyó vize a két egymással szemben épített kőgát között folyik át. A hatalmas sodrás egyrészt komoly terhelést jelent az építmény számára, másrészt drasztikusan mélyíti a medret.

A meder mélyülése az építkezés során eddig elképesztő mértékeket öltött. Míg az építkezés kezdetekor a legmélyebb pontokon 4-5 méteres mélységet mértek, ma már 13-18 méteres értékekről számolnak be a szakemberek. Szendőfi Balázs természetfilmes, halkutató rámutatott, hogy a Duna paksi szakaszán a meder főként homokos, amelyet kisebb szemű sóderréteg és egy évszázadok alatt lerakódott, kavicsos-márgás réteg követ. A felgyorsult folyamatok során ezek a rétegek gyorsan kimosódnak, ami éppen ellenkező hatást vált ki, mint amit a fenékküszöb építésével terveztek.

Az Országos Vízügyi Főigazgatóság (OVF) és a Magyar Honvédség közösen végzik a fenékküszöb kivitelezését. Az OVF tájékoztatása szerint a kimosódásokra előre számítottak, ezért a betontömböket már az építés előkészítése során a helyszínre szállították. A Honvédelmi Minisztérium hangsúlyozta, hogy a betonkockák behelyezését nem egy kivitelezési hiba indokolta, hanem az építkezés gyors és hatékony kivitelezése érdekében tették szükségessé - mutatott rá az Index.

A Műegyetem Vízépítési és Vízgazdálkodási Tanszéke korábban hidraulikai hatásvizsgálatokkal segítette az építkezést, és az OVF is igyekezett felkészülni az előzetes és folyamatosan végzett modellszámítások segítségével. Ennek ellenére a szakértők, mint Szendőfi Balázs, aggódnak a medermélyülés ökológiai következményei miatt. A probléma nemcsak a halfaunát, hanem a Duna egész ökoszisztémáját érintheti, amelyet különösen fenyegetővé tesz az európai édesvízi biodiverzitás krízise.