A magyar futballhoz is szorosan kötődik a klub, hiszen az évtizedek során több magyar edző is megfordult Isztambul keleti felén: Schweng József, a játékosként a magyar és az osztrák válogatottban is szereplő Nemes-Neufeld Sándor, Székely László, az 1934-ben vb-szereplő Markos Imre, a Bayern München kispadján is ülő Csernai Pál, a magyar válogatottat három időszakban is irányító Mészöly Kálmán, vagy az a Molnár Ignác, akinek irányításával az 1967–1968-as idényben öt trófeát is elhódított a csapat.

A Fenerbahce stadionja ad helyet a klub múzeumának, egyébként ez a legrégebbi stadion Isztambulban.